Dia kemudian dilarikan ke rumah sakit di mana dia menjalani operasi subarachnoid hemorrhage atau yang lebih dikenal sebagai pendarahan otak.
Sekitar 2 minggu pascaoperasi, cobaan lain menghampiri Clarke. Dia didiagosis mengidap aphasia, kondisi di mana pasien tak mampu memproses bahasa. Pada kasusnya, Clarke tak mampu mengingat namanya sendiri.
“Aku tak pernah merasakan ketakutan seperti itu. Rasanya seperti akan kiamat dan aku merasa tak layak untuk hidup. Aku seorang aktor dan tugasku menghafalkan dialog. Kenyataannya, aku bahkan tak mampu mengingat namaku sendiri,” ujar Emilia Clarke.
Merasa putus asa, Clarke sempat meminta tim medis untuk membiarkannya mati. “Pekerjaan dan semua mimpi-mimpiku berpusat pada bahasa dan komunikasi. Apabila aku kehilangan kemampuan itu, habislah aku.”
Namun kondisi aphasia itu tak berlangsung lama. Seminggu setelah dirawat, kondisinya kembali normal. Namun sebelum meninggalkan rumah sakit, tim dokter memberitahukannya bahwa ada aneurisma lain di otaknya.