Marcus menyelamatkan pilot Blair Williams, dan mereka menuju markas John, di mana Marcus terluka oleh ranjau magnetik. Ketika mencoba menyelamatkan hidupnya, Perlawanan menemukan bahwa Marcus adalah seorang cyborg, dengan endoskeleton sibernetik dan sebagian korteks otak buatan. Meski Marcus bersikeras bahwa ia manusia, John dan istrinya, Kate, curiga bahwa Marcus dikirim untuk membunuh mereka, dan John memerintahkan agar Marcus dieksekusi. Blair membantu Marcus melarikan diri.
Saat pengejaran, Marcus menyelamatkan nyawa John dari hydrobot milik Skynet, dan mereka membuat kesepakatan: Marcus akan memasuki markas Skynet di San Francisco untuk membantu John menyelamatkan Kyle dan para tahanan lainnya, jika John membiarkannya hidup.
John meminta Ashdown untuk menunda serangan agar ia bisa menyusun rencana untuk menyelamatkan para tahanan manusia, tetapi Ashdown menolak dan mencopot John dari komandonya. Namun, Pasukan Perlawanan menolak perintah Ashdown dan menunggu sinyal dari John.